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要理解为什么我们不能对已经签名的IPA文件进行加密，首先我们需要了解IPA文件的签名和加密的概念及其在iOS应用程序分发中的作用。

1. IPA文件的签名：

在iOS应用程序分发的过程中，每个IPA文件都需要进行数字签名。签名是一种机制，用于验证应用程序的来源和完整性。签名包含了开发者的数字证书以及应用程序的相关信息，包括开发者的ID以及应用程序的bundle identifier等。这个签名信息将与应用程序的二进制文件一起打包成为IPA文件。

2. IPA文件的加密：

在iOS应用程序分发中，IPA文件的二进制内容是经过加密的。这是为了保护应用程序的知识产权以及防止未经授权的篡改。加密后的IPA文件会使用Apple提供的加密工具进行加密，保证应用程序的二进制文件在传输和存储过程中的安全性。

现在，我们来讨论为什么我们不能对已经签名的IPA文件进行加密。

首先，已经签名的IPA文件是经过苹果的数字证书验证的，这表示该IPA文件是由授权的开发者创建并且没有被篡改过。加密的过程就是对二进制文件进行一定的变换，这会导致文件的完整性发生改变。因此，在签名之后对IPA文件进行加密会破坏其签名并使其无法通过苹果的验证流程。

其次，IPA文件的加密是由苹果提供的工具来完成的，开发者不具备对IPA文件进行加密的权限。这是为了保护应用程序的知识产权以及苹果的应用程序分发机制。苹果只允许开发者使用他们提供的工具和流程来进行应用程序的签名和加密。

最后，加密一个已经签名的IPA文件并不会提供更高的安全性。IPA文件的签名机制已经能够验证应用程序的来源和完整性。而加密只是对二进制文件进行处理，加密后的文件仍然需要进行解密才能在设备上运行。因此，签名已经足够保证应用程序的安全性，并不需要额外的加密步骤。

综上所述，我们不能对已经签名的IPA文件进行加密。签名已经能够保证应用程序的来源和完整性，而加密对于已经签名的文件并不会提供额外的安全性。为了保护应用程序的知识产权以及苹果的应用程序分发机制，只有苹果提供的工具和流程才能用于对IPA文件的加密。