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独立签名的ipa文件是指通过手动签名的方式生成的iOS应用，而不是通过正规渠道通过苹果开发者账号进行签名的应用。相比正规签名的应用，独立签名的ipa文件无法通过Apple Store直接进行升级。

正规签名的ipa文件是通过苹果开发者账号进行签名，然后通过Apple Store分发给用户进行安装。当开发者对应用进行升级时，他们会在苹果开发者账号上提交新版本的应用，然后经过苹果审核后，用户将会收到升级通知，可以选择升级到最新版本。这个过程完全由苹果控制并管理，确保了应用的安全性和可信度。

相比之下，独立签名的ipa文件是通过一些第三方工具或非官方的签名方法生成的应用。这些方法通常不需要苹果开发者账号，使用者可以自行对应用进行签名，然后通过其他方式将应用分享给其他人。由于这些ipa文件不是通过官方渠道发布，并且存在一定的风险，因此无法直接通过Apple Store进行升级。

独立签名的ipa文件的升级方式多种多样，以下是一些常见的升级方式：

1. 手动替换ipa文件：当开发者发布新版本的应用时，他们可以将新版本的ipa文件发送给用户，然后用户使用新的ipa文件替换旧版本的应用。这种方式需要用户手动操作，但是相对简单直接。

2. 使用OTA（Over-The-Air）方式升级：OTA是一种通过网络下载和安装应用的方式。在独立签名的情况下，开发者可以将应用上传到服务器，并生成一个带有描述文件的下载页面。用户在页面上点击下载按钮后，会自动下载并安装新版本的应用。这种方式相对方便，但需要用户手动点击下载页面进行升级。

3. 使用第三方工具进行升级：有些第三方工具可以帮助开发者进行iPAPatch，即对ipa文件进行补丁修改。开发者可以通过这种方式，将新版本的代码补丁应用到旧版本的ipa文件上，然后将修改后的ipa文件发送给用户进行升级。这种方式需要一定的技术知识，并且存在一定的风险。

需要注意的是，独立签名的ipa文件升级存在一些安全隐患和法律风险。因为这些应用不经过苹果官方的审核和控制，可能存在恶意代码、盗版软件等问题。另外，部分国家或地区的法律禁止非官方签名方式进行应用分发。

总的来说，独立签名的ipa文件可以通过一些特殊的方式进行升级，但相比正规签名的应用，升级过程更加复杂和容易出现问题。对于一般用户而言，建议通过正规渠道从Apple Store下载并安装应用，以保证应用的安全和正常升级。