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在Linux系统中，我们可以使用命令行工具来编译生成Android应用的APK文件。这个过程主要包括以下几个步骤：

1. 安装必要的工具和环境：

在开始编译之前，需要确保系统已经安装了Java Development Kit（JDK）、Android SDK和Gradle。可以通过以下命令在Linux系统上安装这些工具：

- 安装JDK：

```shell

sudo apt-get install openjdk-8-jdk

```

- 安装Android SDK：

首先，下载Android SDK，并将其解压到任意目录。然后，将SDK工具的路径添加到环境变量中：

```shell

export ANDROID_HOME=/path/to/android-sdk

export PATH=$PATH:$ANDROID_HOME/tools:$ANDROID_HOME/platform-tools

```

- 安装Gradle：

```shell

sudo apt-get install gradle

```

2. 创建Android项目：

在命令行中使用Android命令创建一个新的Android项目：

```shell

android create project --target --name --path --activity --package

```

其中，``表示目标Android平台的API级别，``表示项目名称，``表示项目的存放路径，``表示主Activity的名称，``表示包名。

3. 编译项目：

切换到项目的根目录，并运行以下命令编译项目：

```shell

cd

./gradlew assembleDebug

```

这个命令将会在项目的`build/outputs/apk`目录下生成一个APK文件，即编译好的Android应用。

4. 安装APK文件：

可以使用adb命令将APK文件安装到连接的Android设备上：

```shell

adb install

```

其中，``表示APK文件的路径。

5. 运行应用：

在完成安装后，可以使用adb启动应用：

```shell

adb shell am start -n /

```

其中，``和``分别表示应用的包名和主Activity的名称。

以上就是在Linux系统中使用命令行编译生成Android应用的APK文件的基本过程。通过这种方式，我们可以在不使用图形界面的情况下进行Android开发，并进行自动化构建和部署。