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在Linux系统上配置自动编译打包APK的过程可以分为以下几个步骤：安装Java开发环境、安装Android SDK、配置环境变量、编写打包脚本、配置定时任务。

1. 安装Java开发环境

在Linux系统上安装Java开发环境，可以使用命令行或者包管理器进行安装。例如，在Ubuntu系统上可以使用以下命令进行安装：

```

sudo apt install default-jdk

```

安装完毕后，可以使用`java`和`javac`命令来验证Java开发环境是否安装成功。

2. 安装Android SDK

下载Android SDK的压缩包并解压到某个目录。可以从Android官方网站上下载最新版本的Android SDK。解压后，可以使用Android SDK Manager来下载所需的Android版本和工具。

3. 配置环境变量

为了方便使用Java和Android SDK的命令行工具，需要配置相应的环境变量。打开终端，编辑`~/.bashrc`文件或者`~/.bash_profile`文件，并在文件末尾添加以下内容：

```

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java

export ANDROID_HOME=/path/to/android/sdk

export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin:$ANDROID_HOME/tools:$ANDROID_HOME/platform-tools

```

在上述代码中，将`/path/to/android/sdk`替换为实际的Android SDK安装路径。

4. 编写打包脚本

创建一个新的Shell脚本文件，比如`build.sh`，并在其中编写自动编译打包APK的脚本。以下是一个示例脚本：

```shell

#!/bin/bash

cd /path/to/project/directory

./gradlew assembleDebug

```

需要将`/path/to/project/directory`替换为实际的项目目录路径。`./gradlew assembleDebug`命令表示使用Gradle编译打包Debug版本APK。

5. 配置定时任务

使用系统的定时任务工具（如cron）来配置定时执行打包脚本。打开终端，输入以下命令来编辑cron定时任务：

```

crontab -e

```

在打开的编辑器中，添加以下内容来配置定时任务：

```

0 * * * * /path/to/build.sh

```

上述配置表示每小时的0分钟执行一次`build.sh`脚本。可以根据需要调整定时任务的执行频率。

配置完毕后，系统将会自动定时执行打包脚本，并生成APK文件。可以通过查看定时任务的输出结果或者相关日志文件来进行调试和排查错误。